รถไฟสายฮาโกเนะโทซัน วิ่งจากสถานีฮาโกเนะ-ยูโมโตะ ซึ่งอยู่ใจกลางฮาโกเนะ ไปยังสถานีโกระ โดยใช้เวลาเดินทาง 35 นาทีบนเส้นทางรถไฟภูเขาที่เก่าแก่ที่สุดในญี่ปุ่น โดยรถไฟสายนี้จะให้บริการเข้าถึงและจากกระเช้าลอยฟ้าฮาโกเนะ ซึ่งขึ้นไปยังอาชิโนะโกะผ่านโอวาคุดานิ
บริการเที่ยวแรกออกเดินทางจากฮาโกเนะ-ยูโมโตะเวลา 05:26 น. และเที่ยวสุดท้ายออกเดินทางเวลา 23:19 น. จากสถานีโกระ บริการเที่ยวแรกออกเดินทางเวลา 05:23 น. และเที่ยวสุดท้ายออกเดินทางเวลา 22:41 น. ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับช่วงเวลาของวัน โดยจะมีบริการระหว่าง 3 - 6 เที่ยวต่อชั่วโมง โดยมีสถานีหลายแห่งระหว่างอาคารผู้โดยสารแต่ละแห่ง
ทางรถไฟสายฮาโกเนะโทซัน เป็นทางเดียวและอยู่ในประตูเพื่อขึ้นเขาชัน ต้องเลี้ยวกลับสามครั้งเมื่อรถไฟเข้าด้านในลานด้านข้างเพื่อเปลี่ยนรางและวิ่งต่อไป โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเดือนมิถุนายนและกรกฎาคมเมื่อดอกอะจิไซ (ดอกไฮเดรนเยีย) เรียงรายตามราง และในช่วงปลายเดือนตุลาคมถึงพฤศจิกายนเมื่อใบไม้ในฤดูใบไม้ร่วงที่สวยงาม การนั่งรถไฟสายฮาโกเน่โทซานจึงเป็นประสบการณ์ที่ไม่เหมือนใครและผ่อนคลาย